В 1768—1802 возглавлял епископскую кафедру в Тобольске. Назначен из архимандритов Новоторжского Борисоглебского монастыря.
Отличался неутомимой деятельностью по развитию духовного образования. Вел в Тобольской семинарии общеобразовательные науки — философию, математику, физику, историю, географию, медицину и риторику. Выхлопотал преподавателям семинарии хорошее по тем временам жалованье. Ректоров для семинарии выписывал из Киева, лучших тобольских семинаристов направлял в Петербургскую и Казанскую духовные академии.
После большого пожара 1788, истребившего почти весь Тобольск, на полученные от пожертвований средства Варлаам восстанавливал в городе церкви и приходские здания. Святейший поощрял и развивал в крае православную миссионерскую деятельность. В 1788—1789 по распоряжению владыки игумен Мисаил совершил миссионерскую поездку в Туруханский край.
Благодаря Варлааму в 1794 в Русскую Америку была послана первая духовная миссия из десяти иноков под началом иеромонаха Иоасафа Болотова, а в 1799 на евангельскую проповедь среди чукчей Чаун-Чукотки отправился ученый - протоиерей Григорий Слепцов, с шестнадцатилетней деятельности которого начинается история Чукотской миссии.
© 2020 Арктика