В 1600 возглавил первую правительственную экспедицию в «Мангазейскую землицу». Из Тобольска с сотней казаков на легких лодках-коломенках спустился по Иртышу и Оби до Березова, где к его партии присоединились еще 50 казаков и местные торговые люди. Были построены кочи, на которых разместился отряд, легкие же лодки загрузили провиантом и снаряжением. При выходе в Обскую губу коломенки опрокинулись, большая часть грузов погибла или испортилась. На помощь экспедиции пришли ненцы, предоставившие оленей для оставшегося продовольствия и военных припасов. Отряд отправился на восток на лыжах, но за р. Пур на него напали «юраки» (ненцы). В ожесточенном бою 30 казаков было убито. Остальные во главе с раненым М. Шаховским на оленях и лыжах вернулись в Березов. Вероятно, поздней осенью того же года М. Шаховской и его казаки на лыжах все же добрались до р. Таз и на ее восточном берегу в 300 км от устья основали острог — Мангазею.
Острог Мангазея
В 1601 в помощь М. Шаховскому были посланы еще два больших отряда под руководством В. Масальского и С. Пушкина. Анонимный участник походов 1600—1601 составил чертеж Обской и Тазовской губ, п-ова Ямал и рр. Пур и Таз, впервые дающий представление (конечно, приближенное) о северных приморских районах Западной Сибири.
Мангазея быстро приобрела роль промыслового центра и основной базы проникновения россиян на восток. Отсюда впоследствии делались попытки освоения участка Северного морского пути от Обской губы до устья Лены.
Последние годы жизни М. Шаховской был воеводой в разных сибирских городах.
© 2020 Арктика