Во главе артели занимался промыслом рыбы и пушнины на побережье моря Лаптевых. Весной 1800 увидел в море черные пятна, оказавшиеся скалами с сугробами снега в расщелинах, а на берегу кресты — свидетельство, что остров ранее посещался. Однако на картах он отсутствовал. Так был вторично обнаружен и описан о-в Столбовой. Через четыре года Санников посетил о-в Котельный.
В экспедиции М. Геденштрома, исследовавшей в 1808—1810 Новосибирские о-ва, Санников пересек с юга на север о-в Новая Сибирь, описал рельеф его внутренней части, выполнил астрономические определения и нанес на карту приметные высоты. С землемером П. Пшеницыным и своим сыном в 1811 он обошел о-в Фаддеевский и выяснил, что с о-вом Котельный тот соединяется низменным песчаным перешейком, затапливаемым во время прилива. (Впоследствии восточная часть Котельного получила название Земли Бунге; о-в Фаддеевский в середине ХХ в. потерял самостоятельность и стал одноименным полуостровом.)
С Новосибирских о-вов Я. Санников неоднократно видел загадочную землю, получившую потом его имя. О существовании земли сообщал и Э. Толль; на основании наблюдений за миграцией птиц и животных он даже нанес ее на карту. «Землю Санникова» безрезультатно искал П. Анжу. Во времена ледокольных экспедиций («И. Сталин» и «Ермак» в 1937, «Садко» и «Г. Седов» в 1937—1938) было доказано, что такой «Земли» нет, а если и была, то она разрушена морем, как и другие острова, сложенные из многолетнего пакового льда и непрочного илисто-песчаного грунта.
Именем Санникова названы пролив между о-вами Малый Ляховский и Котельный и река на Новосибирских островах.
© 2020 Арктика